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フォトンマッピング法では、大雑把に言って、フォトンマップ作成フェーズと、レンダリングフェーズの二つのフェーズに分けて計算を行う。
まずフォトンマップ作成フェーズでは、光源からいくつもの(数千、数万以上)仮想粒子を放出させ、シーン内モデルとの交錯を計算していく。モデルと交錯した仮想粒子は、パス(経路)レイトレーシング法よろしく、表面材質の特性を考慮しつつ、確率論的に、反射をしたり、その場で吸収されてみたり、透過・屈折したりして、シーン内にばらまかれる。フォトンマッピング法ではこの仮想粒子をフォトンと呼ぶ。そうしてシーン内の、フォトンが吸収された各点の座標の全記録を、「フォトンマップ」と呼ぶ。
次にレンダリングフェーズでは、作成されたフォトンマップを使って、普通の逆光線追跡法レイトレーシングを行うが、その際、視線が交錯を起こした物体表面の明るさを決定する際には、その交錯点の近傍にあるフォトンの分布から、フォトンの分布密度を求め、それに見合った明るさを決定する。この、視線と物体の各交錯点におけるフォトン密度計算の効率が、重要な鍵となってくるのであり、kd-tree に代表されるような、効率的な空間分割手法が必要とされる。アイデアとして、最低限細分割されたポリゴンメッシュモデルについて、各ポリゴン間の隣接情報などを予め構築しておいたものを、そのまま利用することも考えられる。
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